La visita ai sotterranei di S. Crisogono, accessibili dalla sacrestia,  è importante per conoscere e capire la stratificazione archeologica e la pratica del riuso di monumenti antichi per scopi diversi da quelli originari. I resti testimoniano e conservano le vestigia di uno dei più antichi tituli sorti nel quartiere di Trastevere.La disposizione degli ambienti tipica delle case romane infatti, si adattava perfettamente allo svolgimento dei riti cristiani, nonché a funzioni di magazzino ed accoglienza dei fedeli. Il titulus Crisogoni nacque infatti sfruttando ben due (e forse tre) domus romane di II e III secolo, prima di assumere la consueta pianta basilicale nel V secolo.